Het accent in de verkiezing wordt gelegd op de transparantie van land tot klant. Voor de uiteindelijke keuze van de winnaars is doorslaggevend hoe hier invulling aan wordt gegeven. Een nieuw element in de verkiezing is de publieksprijs. Consumenten kunnen vanaf half november via internet stemmen. Bij het tellen van de stemmen zal rekening worden gehouden met het verzorgingsgebied en de omvang van de winkel. Dit zodat iedere winkel - groot of klein- een eerlijke kans maakt op de publieksprijs.
In januari 2013 was de prijs voor De Groene Winkel Zeist.
Een vernieuwde vakjury onder leiding van Nico Broersen, oprichter People4Earth, zal de inzendingen beoordelen. Tien finalisten worden persoonlijk door één van de vijf juryleden bezocht. Voor de winnaars ligt in totaal 2.500 euro prijzengeld klaar.